За период своей деятельности учреждение успело получить признание в области прикладных научных исследований на федеральном и международном уровнях. Научный центр объединяет науку, производство и внедрение научной продукции. Для этого в учреждении имеются научные кадры, экспериментальная база – племенной завод по разведению пчел с научно-экспериментальными станциями и лабораториями по выводу и искусственному осеменению маток, цех по переработке продуктов пчеловодства, Республиканский центр народной медицины и апитерапии.
Научный центр является членом Международной федерации пчеловодческих ассоциаций «Апимондия», сотрудничает с научными и образовательными учреждениями РФ и других стран.
В центре проводятся исследования по следующим направлениям:
- Сохранение, воспроизводство генофонда башкирской популяции медоносных пчел и расширение ареала ее обитания.
- Селекция медоносных пчел для выведения специализированных линий по определенным хозяйственно полезным признакам с учетом требований технологии промышленного пчеловодства.
- Исследование свойств башкирского меда для продвижения бренда «Башкирский мед» на мировом рынке.
- Исследования применения апитерапии для профилактики болезней, а также для лечения и реабилитации больных.
- Разработка лечебно-профилактических, пищевых продуктов и косметических средств с использованием продукции пчеловодства и лекарственных трав.
По результатам научных работ опубликованы монографии, методические рекомендации, сборники научных трудов, более 400 статей в журналах ВАК и других изданиях. Учреждение организует научные конференции, симпозиумы и другие мероприятия российского и международного уровней.
Научный центр является правообладателем патентов на известнейшие бренды Башкортостана – «Башкирскую пчелу» и «Башкирский мед».