В ГБУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии ведутся научно-исследовательские работы по трем программам, получившим в 2004 году государственную регистрацию РФ: «Сохранение, воспроизводство генофонда и расширение ареала обитания башкирской популяции среднерусской породы медоносных пчел» (№ госрегистрации 0120.0404876), «Выявление в Республике Башкортостан природных зон с оптимальными условиями для производства высококачественных экологически безопасных продуктов пчеловодства» (№ госрегистрации 0120.0404877), «Разработка, совершенствование и клиническое применение лечебно-профилактических средств и биологически активных добавок, созданных на основе продукции пчеловодства и лекарственных трав» (№ госрегистрации 0120.0404875).
Созданы пять научно-экспериментальных станций по пчеловодству, на 45 пасеках которых содержится более 5 тысяч пчелиных семей. Пасеки имеют лицензию Министерства сельского хозяйства Российской Федерации на статус племенного завода по разведению в чистоте башкирской популяции среднерусской породы пчел.
В центре ведется подготовка высококвалифицированных научных кадров для отрасли пчеловодства. В коллективе работают два доктора и 10 кандидатов наук.
ГБУ БНИЦ по пчеловодству и апитерапии занимается издательской деятельностью. Выпущены серии методических рекомендаций по вопросам пчеловодства, сборники по апитерапии, справочник медоносных растений, брошюры по вопросам разведения и селекции пчел башкирской популяции.
Научный центр оказывает консультационно-методическую помощь пчеловодам-практикам, ежегодно организует курсы повышения квалификации пчеловодов.